Hugues Rein­er est né en 1960 dans une famille d’écrivains. Son père est Sil­vain Rein­er, écrivain français (1921–2002), sa mère Anne-Marie Vry est soci­o­logue. À 22 ans, il est choisi pour fonder et diriger le Chœur de l’Ar­mée française (Garde Répub­li­caine). À 25 ans, il dirige son pre­mier con­cert au Théâtre des Champs-Élysées avec le pianiste Miguel Angel Estrel­la. En 1993, il dirige un con­cert filmé au som­met du Mont Blanc dif­fusé dans toute l’Europe pour venir en aide aux enfants réfugiés de l’ex-Yougoslavie. La même année, il se rend à plusieurs repris­es à Sara­je­vo avec une invi­ta­tion de la prési­dence bosni­aque pour recon­stituer l’Orchestre de la Radio-Télévi­­sion de la ville assiégée avec des musi­ciens serbes, croates et bosniaques.

Il a dirigé plus de 1500 con­certs sym­phoniques dans une quar­an­taine de pays, invité par les orchestres nationaux de Russie, Pologne, Litu­anie, Ser­bie et Roumanie pen­dant la révo­lu­tion. Il s’est pro­duit lors d’un con­cert téléd­if­fusé avec l’orchestre nation­al de la Radio-Télévi­­sion de Pékin. En France, il a dirigé dans les salles les plus pres­tigieuses l’in­té­grale des sym­phonies de Gus­tav Mahler et pro­gram­mé régulière­ment les œuvres sacrées de Mozart, Beethoven, Brahms, Dvořák, Tchaïkovs­ki, etc. 

En novem­bre 2015, en hom­mage aux vic­times des atten­tats à Paris, il rassem­ble en 3 jours un orchestre et 450 cho­ristes pour inter­préter le Requiem de Mozart à l’Église Saint-Sulpice en présence de per­son­nal­ités des com­mu­nautés musul­mane, chré­ti­enne et juive. 

Hugues Rein­er a fondé les Chœurs Résilience avec le par­rainage du neu­ropsy­chi­a­tre Boris Cyrul­nik. En 2018, il est fait Cheva­lier des Arts et des Lettres.